Estudou medicina em Paris e Bordéus, terminando o curso na Inglaterra e doutorando-se em 1775. De volta à França, é nomeado médico da guarda pessoal do conde d'Artois, irmão mais novo do rei Luís XVI e futuro Carlos X. Em 1783 abandona a profissão para se dedicar à carreira de cientista – já havia publicado artigos sobre experiências com fogo, luz e eletricidade.
O jornal traz claras incitações à ação violenta contra a aristocracia e contra os revolucionários moderados, tendo em vista sua revolta por causa do nepotismo dos barões e o ódio aos asseclas do absenteísmo. Foi considerado fora-da-lei e viu-se obrigado a fugir para a Inglaterra.
Durante seu período de refúgio continuou publicando seus artigos inflamatórios e enviando-os secretamente para o território francês, atacando com sucesso personalidades da aristocracia como o marquês de Lafayette, a comunidade, os emigrantes e o rei. Para seu infotúnio, ele contrai terríveis doenças cutâneas, como escrófula e começa a ter cancêr de pele. Essas doenças causavam coceiras, erupções, um terrível cheiro e muita dor. Isso tudo fez desaparecer seu caloroso comportamento. Começou a usar turbantes brancos na cabeça e fazer seus trabalhos dentro de uma banheira com água mineral. Tornou-se uma pessoa desagradável. Seja pelo seu extremo mal cheiro resultante da escrófula - uma inflamação de gânglio linfático submandibular e cervical, associada à tuberculose - que ele havia contraído nos esgotos, ou seja por sua paranóia.
Ele não conseguiu ser um homem muito popular, que é possivelmente a razão pela qual, apesar da sua influência, ele não teve seguidores pessoais como tiveram Robespierre, Danton e até mesmo Hebert. Ele era obcecado por trabalho. Dizia que não tinha tempo para dormir, e que vinte e quatro horas por dia era o guarda do bem-estar do povo.
Ele era violento, quando não verbalmente, o fazia de forma física e geralmente levava consigo duas pistolas. Ele sempre perguntava "carinhosamente" ao povo parisiense porque eles não tomavam medidas contra a aristocracia. Assim como Robespierre, ele acreditava que quando falhava em conseguir algo, era porque inevitávelmente, havia uma conspiração de homens determinados a minar o plano virtuoso. Ele, como Robespierre, sofreu de complexo de mártir (embora, ao contrário de Robespierre, ele realmente se tornou um. Foi dito que Robespierre teve inveja do modo como ele morreu). No entanto, ele não era um homem que seus colegas poderiam facilmente ignorar, pois nem sequer Danton ou Robespierre despertaram o amor e o respeito do povo como fez o mentalmente perturbado editor do Ami du Peuple. Ele também despertou admiração de diversos pensadores posteriores, entre eles, Peter Weiss.
Foi condenado várias vezes e visto como o porta-voz do partido jacobino, a ala mais radical da revolução. Voltando à França, por volta de março de 1792, ele se casa com uma jovem de 27 anos, Simonne Évrard, em uma cerimônia à la Rousseau. Nesse mesmo ano ficou famoso por incitar os brutais massacres de setembro. Então, participou da formação da comuna de Paris e apoiou as execuções de nobres e religiosos contra-revolucionários. Foi eleito deputado por Paris para a Assembléia Constituinte, da facção mais radical, e contribuiu para a condenação de Luís XVI e a queda dos girondinos, facção moderada chefiado por Jacques-Pierre Brissot, e em parte contrária à execução do rei.
Membro do Comitê de Vigilância da Comuna, deputado por Paris na convenção, e extremista por natureza, exigiu uma ditadura revolucionária e conclamou os patriotas parisienses a instar um motim contra os girondinos que o acusavam de querer estabelecer uma ditadura com Robespierre e Danton.
Quando os sans-cullote (massas populares), orientados pelos jacobinos, proclamam a república e instituem a Comuna de Paris como órgão executivo do governo, eleé eleito um dos dirigentes. Perto de sua morte, antes de ser assassinado, Marat passava várias horas na banheira, que aliviava suas dores provenientes de uma doença inflamatória. Jean-Paul Marat tornou-se herói e martir da Revolução.
“Não se engane quando ouvir dizer que as coisas estão melhores agora; mesmo que não exista pobreza, porque a pobreza foi escondida. Mesmo que você tenha mais condições e possa gastar mais dinheiro com coisas novas e sem utilidade que a indústria lhe oferece, mesmo que pareça que você nunca teve tanto como agora, este é apenas o slogan daqueles que possuem muito mais que você. Não se deixe enganar com tapinhas no ombro e dizeres do tipo que nada é mais importante que sua palavra, e que se você acredita neles é porque não há mais razão para lutar. Eles continuarão no comando, em suas mansões de mármore e bancos de granito, de onde roubam o povo e o mundo com a pretensão de trazer cultura para todos”.